Обострение классовых противоречий к середине XVII в. с особенной силой выявилось в городах. Сосредоточение в городах значительных масс населения, наличие известной организации посадского населения в виде слобод и сотен создавали благоприятные предпосылки для массовых выступлений. К протесту против феодальной эксплуатации, общему для крестьянства и горожан, прибавлялся протест массы обедневшего посадского люда против гнета посадской верхушки. Волна массовых городских движений поднялась сначала в Москве — самом крупном и развитом русском городе того времени. Вспышка народного недовольства в таком городе легко перешла в мощное восстание, которое началось 1 июня 1648 г. Оно было стихийным, как и все выступления народных масс в средние века. Гнев восставших был направлен против отдельных представителей царской администрации, деятельность которых считали главной причиной бедствий. Когда царь возвращался с богомолья из Троице-Сергиевой лавры, массы народа обратились к нему с челобитной, в которой обличались «простого народа мучители и кровопийцы и наши губители». Челобитчики были разогнаны плетьми, а несколько человек арестовано. На следующий день в Кремле толпа народа вновь обратилась к царю во время выхода его из церкви с требованием наказать управляющего Москвой Л.С. Плещеева и освободить заключенных. Алексей Михайлович был вынужден дать согласие на освобождение челобитчиков.
Сами испытывавшие всяческие притеснения, стрельцы в решительный момент оказались среди восставших, и это придало особый размах восстанию. Вместе со стрельцами народ ворвался в царские палаты и потребовал наказания боярина Морозова, а затем бросился к дому Морозова и разгромил его. Спрятавшегося  Чистого,   которого считали инициатором соляного налога, убили. Разгрому были подвергнуты еще свыше 30 домов московской знати, в том числе дома богатых купцов Шорина и Василия Гусельникова. Входе восстания были убиты приказные деятели Чистой, Траханиотов, Плещеев, которых считали главными виновниками соляного налога. Характерно, что верхушка московского купечества не только не принимала участия в городском восстании, но обратилась к правительству с просьбой о защите. Размежевание классовых сил внутри посада отчетливо выявилось в ходе восстания. Алексей Михайлович вступил в переговоры с народом, пытаясь добиться у него согласия отправить Морозова в ссылку, и даже оставил патриарха заложником у восставших. Тем временем, пытаясь отвлечь народ от Кремля, Морозов приказал своим слугам поджечь город. Начался огромный пожар, уничтоживший множество домов, большие материальные ценности и тысячи людей. Под сильным конвоем стрельцов Морозов был отправлен в ссылку в Кириллово-Белозерский монастырь, причем царь торжественно обещал никогда не возвращать его в Москву. Но одновременно в монастырь были посланы царские грамоты со строгим наказом — сохранять и оберегать боярина Бориса Ивановича. Правительство пошло и на другие уступки, сменив судей в главнейших московских приказах. По царскому указу были освобождены от «правежа» недоимщики.
В течение нескольких дней вся власть в Москве находилась фактически в руках восставших. Такого грозного размаха городское восстание достигло впервые. Однако правительству удалось привлечь на свою сторону стрельцов выдачей им повышенного жалованья. В руках правительства оказалась вооруженная сила,  восстание было подавлено.

Вслед за Москвой поднялась целая волна городских восстаний, охвативших громадную территорию. Движение развернулось прежде всего в южных «украинных городах», в которых было много мелких служилых людей,
разоренных от неуплаты жалованья и притеснений со стороны администрации. В ряде случаев в восстании приняли участие крестьяне.
Волнения произошли в Козлове, Владимире, Воронеже, Ельце, Болхове, Чугуеве. На другом конце страны, в Северном Поморье, также было неспокойно. Осенью слухи о московском восстании дошли до Чердыни и Соликамска, и там поднимался народ против зажиточных посадских людей. Начавшиеся еще в мае волнения в Нарыме вновь вспыхнули при известии о московском восстании.
Всего за период с 1630 по 1650 г. восстания охватили до 30 городов, из них 21 произошло в 1648 — 1650 гг.

Поводом к восстанию в Пскове, начавшемуся весной 1650 г., была передача хлебных запасов Швеции в счет погашения долгов русского правительства. Представители «молодших людей», посадских низов Пскова, обратились к архиепископу с просьбой уговорить воеводу не отдавать хлеб шведам, так как город испытывал в нем нужду. В связи с отказом воеводы задержать хлеб 28 февраля в Пскове вспыхнуло восстание. Восставшие задержали шведского правительственного агента, выбрали своими руководителями площадного подьячего Томила Васильева и стрельцов Порфирия Козу и Иова Копыто. Было решено хлеб шведам не отдавать и отправить специальных челобитчиков к царю.
Через несколько дней, в середине марта, началось восстание в Новгороде, куда проникли слухи об отправке хлеба за рубеж. Восставшие разорили дворы богатой новгородской знати. 16 марта им удалось захватить власть в городе. Во главе новгородского правительства встали освобожденный восставшими из-под ареста митрополичий приказной Иван Жеглов, посадские люди Елисей Лисица и другие, а также один представитель стрельцов.
В Пскове и в Новгороде активное участие в восстании городских низов приняли стрельцы.
Это придавало большую силу восстаниям. Характерной особенностью восстания 1650 г. было заметное участие крестьянства и отказ дворян от поддержки восстания, что свидетельствует об изменениях в расстановке классовых сил после Уложения 1649 г. К Новгороду было направлено царское войско под предводительством князя Хованского. Измена «лучших людей» — городской верхушки — предрешила участь восставших. Город был сдан Хованскому в середине апреля, начались розыски виновных. Из Москвы пришел указ казнить Жеглова, остальных руководителей восстания бить кнутом и сослать в Астрахань, на Терек и в другие отдаленные районы.
В Пскове восставшие силой взяли у воеводы оружие, боеприпасы и ключи от города. Прибывшего из Москвы для подавления мятежа князя Волконского восставшие арестовали, отобрали хлеб у богачей и раздали его посадским людям и стрельцам. В течение июня и июля продолжались бои под Псковом. Однако и в Пскове «лучшие люди» схватили руководителей восстания и выдали их царским властям.
Восстания 1648—1650 гг. отразили появление новых черт в антифеодальной борьбе, связанных со спецификой жизни и требований городских ремесленников и мелких торговцев.