Николло ди Аббати родился в 1512 году в семье талантливого живописца в маленьком итальянском городке Модена. 1-ые уроки рисования он брал у собственного отца, а позднее уехал обучаться в школу живописи, в Рим. Вернувшись через пару лет в родной город, Николло как и его отец, начал работать, в жанре стенной живописи. Первые из своих больших, до нас по большей части не дошедших работ он написал в Модене, где в музее изобразительных искусств и в здании муниципалитета и сейчас мож­но узреть его стенную живопись. Также к первым его работам относится изображение мученической гибели апостолов Петра и Павла находящееся в немецком городе Дрездене.

Между 1547 и 1552 годами Аббате работал в Болонье, где им была написана картина, изображающая поклонение пастырей. Это произведение считается главной и самой известной работой художника. После ее окончания Аббате совместно с другими живописцами уезжает во Францию, где участвует в создании огромных фресок в Фонтенбло, практически полностью уничтоженных в 1738 году из-за неловкости архитектора, реставрировавшего здание. Дальше Аббате украшает еще множество других дворцов, а также получает заказы на создание эскизов от королевского двора. Николло ди Аббати великолепно справляется с этим почетным заданием.

В последние годы жизни он работает вместе со своими 4-мя сыновьями. В 1571 году Николло ди Аббати умирает в Фонтенебло. Он был одним из основных представителей той школы живописи, которая в последний период Возрождения была перенесена им и его соотечественниками-живописцами Приматиччо и Россо во Францию.