Проявлением возросшей силы самодержавной власти стал исход ее конфликта с патриархом Никоном и в его лице — со значительной  частью  духовных феодалов.
Никон (его светское имя — Никита Минов) вышел из семьи мордовского крестьянина и довольно быстро прошел ступени церковной иерархии. С 1646 г. он сблизился с царем Алексеем Михайловичем. В 1652 г. Никон стал главой русской церкви. Умный, начитанный, энергичный патриарх отличался огромным властолюбием. Никон начал осуществлять церковную реформу.
Причины реформы состояли прежде всего в том, что в стране росло широкое недовольство церковью как потому, что она оправдывала порядки угнетения людей, так и потому, что поведение церковников вызывало глубокое возмущение. Многие крестьяне и горожане отказывались посещать церковные службы и исполнять обряды по правилам официальной церкви. Стали возникать отделившиеся от нее религиозные общины (в Среднем Поволжье уже в 30-е годы появились так называемые «капитоновцы» или «капитоны». Строгие правительственные и церковные распоряжения о послушании церкви давали мало эффекта. Усиление церковно-политических связей России с южнославянскими странами требовало унификации обрядов по греческим образцам, принятым в этих странах. Необходимо было также устранить различия, накопившиеся в обрядах и русской церкви после воссоединения Украины с Россией.
Расхождения начались с вопроса о том, по каким образцам надо исправлять и унифицировать богослужебные книги. Правительство и часть церковных деятелей считали, что за образец должны быть взяты греческие книги. Для этой цели были приглашены с Украины ученые монахи (в частности, Епифаний Славинецкий, который затем перевел ряд иноземных сочинений и др.). Им противостоял кружок «ревнителей благочестия», которые настаивали на исправлении книг по древнерусским образцам. К числу «ревнителей» относились будущие непримиримые враги, а тогда единомышленники — новгородский митрополит Никон и протопоп из Юрьевца Аввакум Петров, протопопы Степан Вонифатьев, Иван Неронов. Но когда Никон стал патриархом, он изменил свои убеждения. В 1653 г. Никон распорядился заменить при богослужении земные поклоны поясными, креститься тремя пальцами вместо двух и привести иконы и книги в полное соответствие с греческими образцами. В 1656 г. защитники старых обрядов были отлучены от церкви. Эти меры, однако, не помогли: возникло течение «старообрядцев», создавших свою церковную организацию. Так произошел раскол в русской церкви.

Пока Никон пользовался поддержкой царя, его главенствующее положение в церкви было достаточно прочным. Дело изменилось, когда Никон стал посягать на разделение светской власти с государем. Он не только присвоил себе титул «великого государя», но и самостоятельно действовал в государственных вопросах. Никон был противником войны с Польшей, поддерживал тайные связи с ее агентурой на Украине, настаивал на войне против Швеции, за овладение Балтийским побережьем. Никон открыто говорил о превосходстве духовной власти над светской и высказывал недовольство политикой в отношении церковного землевладения, решениями Соборного Уложения по этому вопросу, организацией Монастырского приказа, поставившего монастырские земли под контроль правительства.
Вопрос о положении церкви в государстве и ее отношения к светской власти, возникшей еще в период объединения русских земель вокруг Москвы, приобрел теперь наибольшую остроту. Однако самодержавная власть к этому времени значительно укрепилась и стремление Никона не могло осуществиться. Его позиция ослабилась недовольством массы духовенства Никоном из-за его корыстолюбия, властности, суровых мер против «ослушников».
Переоценив силу своего влияния, Никон демонстративно отказался от патриаршества и уехал в Воскресенский монастырь, надеясь, что его позовут обратно. Но по инициативе царя в 1666 — 1667 гг. в Москве был созван Собор вселенских патриархов, который осудил Никона и снял с него патриаршеский сан, Никон был отправлен в заточение в дальний Ферапонтов Белозерский монастырь. Однако проведенные Никоном реформы были подтверждены. Хотя церковные иерархи помогли царской власти справиться с Никоном, церковь и после Собора 1666 — 1667 гг. сохранила свою внутреннюю самостоятельность и свои земельные владения.

В последующие десятилетия раскол приобрел характер широкого движения, охватившего значительные массы населения страны. В сознании темных и забитых крепостным строем людей изменения в их положении вследствие усиления крепостничества во второй половине XVII в. связывались с нововведениями в обрядах. Проповедь христианского братства, обличение произвола никонианского духовенства, призыв к уходу от мирской жизни со всей ее тягостью возымели в этих условиях немалое воздействие. Люди массами шли за учителями раскола, покидали посады и деревни, уходили в далекие леса на Север, за Волгу и там основывали раскольничьи общины — скиты, надеясь найти избавление от тяжелой жизни. Яркая, страстная проповедь расколоучителей, гонения и преследования их со стороны церкви и правительства привлекали массы людей к вождям раскола.
Движение раскольников приобрело социальный характер — оно стало одной из форм проявления социального протеста народных масс, но идеология раскола была основана на фанатичной приверженности старине, неприятии и осуждении всего нового вообще, принципиальном отрицании всего иноземного. Раскол был непримиримо враждебен светской культуре, светскому знанию, он уводил народные массы от активной классовой борьбы, еще больше затемнял сознание народных масс. В среде раскольников развивались изуверские секты и направления вроде скопцов. Сотни и тысячи раскольников подвергли себя мучительному «огненному крещению» — самосожжению. Вся сила стихийного социального протеста направлялась расколом в мистику, фанатизм, аскетизм, религиозную экзальтацию, что в конечном счете лишь ослабляло силы народа.