Между тем в стране поднимались восстания. После того как правительство, остро нуждавшееся в средствах для продолжения тяжелой войны на Украине, выпустило медные деньги (а налоги собирали серебряными), положение масс стало очень трудным. Появилось много фальшивых денег. За один серебряный рубль брали двенадцать медных. В злоупотреблениях с медными деньгами были замешаны некоторые крупные гости и приближенные царя; среди них — тесть царя И. Д. Милославский. Служилые люди отказывались брать медные деньги. Стрельцы и солдаты разбегались из полков. Попытка правительства получить серебряный заем за границей была безуспешной. В 1662 г., в условиях нескольких лет неурожая, был объявлен  новый  сбор  «пятой  деньги», а стрелецкий налог приказано внести хлебом. Все это привело к острому недовольству в посадской среде и новому крупному восстанию в Москве, известному под названием «медного бунта».

Утром 25 июля 1662 г. на Лубянке и в других местах города были обнаружены приклеенные кем-то листы с надписью о том, что боярин И. Д. Милославский, окольничие Ф. М. Ртищев и И. М. Милославский, а также крупнейший московский гость Василий Шорин — изменники.
Большая группа посадских людей отправилась к царю в Коломенское. Там они передали царю «лист» и потребовали выдачи на расправу лиц, названных в бумаге. Тем временем в Москве начались нападения на дворы богатых купцов, ненавистных массе посадских людей. Во главе восстания стояли стрелец К. Нагаев, посадские люди А. Щербок, Л. Жидкий и др. Восставшие, как и в 1648 г., ворвались в дом Шорина и разорили его, а сын Шорина был схвачен как заложник. Вскоре, однако, восстание было подавлено царскими войсками. Не менее двух с половиной тысяч человек погибло под пытками и было казнено. Московское восстание 1662 г. снова выявило дифференциацию внутри городского населения. По словам Г. Котошихина, «были в том смятении люди торговые, и их дети, и хлебники, и мясники, и пирожники, и деревенские, и гулящие, и боярские люди... А гости и торговые люди к тем ворам не пристал ни один человек, еще на тех воров и помогали, и от царя им было похваление».

Московское восстание заставило правительство отказаться от дальнейшего выпуска медных денег, который был прекращен в 1663 г.
Вслед за подавлением восстания правительство вновь усилило нажим на посадских людей. Осенью 1662 г. «стрелецкий хлеб» был удвоен, что особенно тяжело сказалось на положении посадских людей, которые не занимались или мало занимались земледелием. Посадское население разорялось, люди бежали с посадов. Бежали и крестьяне, причем во многих случаях громили усадьбы.
Указом 1661 г. за прием беглого крестьянина, помимо установленного Соборным уложением штрафа в 10 руб., предписывалось брать одного «наддаточного крестьянина» (позднее количество их было увеличено до четырех). За четыре года, в 1663 — 1667 гг., только из Рязанского уезда было возвращено около 8 тыс. беглых крестьян и холопов.
Основной поток беглых направлялся на Дон. Не имея средств к существованию, многие из вновь пришедших оказывались вынужденными идти в кабалу к зажиточному «домовитому» казачеству. После того как Азов остался за Турцией, казаки лишились возможности совершать набеги на побережье Азовского и Черного морей. Активность казачества стала направляться теперь на Волгу и Каспийское море, что противоречило внешне-политическим планам московского правительства, заинтересованного в поддержании мирных отношений с Персией. Казачья старшина, ориентировавшаяся на Москву, противодействовала стремлению казаков к походам на Волгу и Каспий. Все это еще более обостряло положение на Дону.

Летом 1666 г. казачий атаман Василий Ус предпринял поход в центральные районы Русского государства, подойдя к Туле. Движение отряда Уса, в котором насчитывалось около 500 человек, вызвало сильное возбуждение в среде местного крестьянства. Отряд восставших вырос до 3 тыс. человек. Не дойдя до Тулы нескольких верст, Ус повернул обратно. Вместе с ним ушли многие крестьяне и холопы, бежавшие от своих господ. Поход Уса явился предвестием массового народного восстания, которое назревало вте годы. В конце 60-х годов воеводы неоднократно доносили в Москву о появлении в разных местах отрядов «воровских людей», как называли в официальных документах всех непокорных правительству.
В этих условиях появление смелого и энергичного руководителя движения получило значение давно уже ожидаемого сигнала к массовому выступлению. Таким руководителем стал казак Степан Тимофеевич Разин. Собрав несколько сот «голытьбы», Разин весной 1667 г. повел их на Волгу за «зипунами» (добычей). Разинские казаки нападали на купеческие и царские караваны судов, захватывали и делили богатства, истребляли «начальных людей». Стрельцы и работные люди, сопровождавшие караваны, как правило, отпускались. В начале июня на тридцати пяти стругах более полутора тысяч собравшихся под началом Разина людей выплыли в Каспийское море и прошли морем к устью р. Яик, в Яицкий городок, а в марте 1668 г. казаки направились к берегам Персии.
Персидское правительство выставило против Разина крупные военные силы, но Разин, видимо в тактических целях, заявил о том, что желает перейти в подданство шаха. Вскоре, однако, начались столкновения казаков с жителями г. Решта, где стояли казаки в ожидании переговоров с шахом. Персидское правительство отказалось принять казаков Разина в подданство шаха и направило против них сильный флот. В июне 1669 г. казаки разбили флот персов и с богатой добычей повернули на Волгу. Действия Разина на Волге и Каспии в 1667 — 1669 гг. были стихийным выступлением казачества, искавшего средства для улучшения своей доли и видевшего эти средства в том, чтобы силой добывать богатства и делить их между собой.
В начале августа 1669 г. Разин вышел к устью Волги, захватил митрополичьи рыбные промыслы и персидские суда, шедшие с подарками к царю, и 25 августа появился у Астрахани.

Вскоре казаки покинули Астрахань и 1 октября были уже в Царицыне, где освободили всех сидевших в воеводской тюрьме и пытались убить воеводу. Отсюда они направились на Дон. Толпы казаков и беглых крестьян стекались к нему в Кагальницкий городок. Казаки говорили о том, что они ИДУТ ПРОТИВ бояр и начальных людей но не против царя — царистские иллюзии среди них были очень сильны. Сам Разин распространял слухи о том, что с ним якобы находятся «царевич Алексей Алексеевич» и «патриарх Никон», бывший тогда в опале.
В середине апреля 1670 г. Степан Разин с 7 тыс. человек подошел к Царицыну и вскоре овладел им при активной поддержке местных жителей. В захваченном Царицыне Разин ввел казацкое устройство. 19 июня он подошел к сильно укрепленной Астрахани, а в ночь на 22 июня начал ее штурм. Астраханцы, хорошо помнившие Разина, поддержали его действия. Начальные люди, воеводы, дворяне были убиты; документы астраханского воеводского управления сожжены. Управление Астраханью было организовано по казацкому образцу. Во главе управления встали Василий Ус, Федор Шелудяк и другие атаманы.
Из Астрахани через Царицын 8 тыс. казаков двинулись вверх по Волге. Без боя сдались Саратов и Самара. По всему Поволжью расходились «прелестные письма» Разина (иногда от имени «царевича Алексея Алексеевича» или «патриарха Никона») с призывом истреблять бояр, воевод, приказных людей, «мирских кровопивцев». Крепостные крестьяне и холопы, посадские люди, раскольники — все, кто страдал от становившихся невыносимыми поборов и притеснений, увидели в Разине своего вождя. Успехи в борьбе с правительственными войсками вселили надежду на быстрый исход борьбы. Казалось, что достаточно побить бояр и дворян, разорить и уничтожить господские усадьбы, разделить между собой их имущество — и все пойдет дальше хорошо, под властью «доброго» царя начнется новая, свободная жизнь.
Народ с величайшей энергией и решимостью поднялся на борьбу за свободу. В этой борьбе складывались и укреплялись традиции классовой борьбы, традиции героической совместной борьбы русских и нерусских народов против царско-дворянских угнетателей.
Восстание все более принимало характер крестьянской войны. Теперь, в 1670 г., в Поволжье главную массу восставших составляли крестьяне. Да и среди казаков Разина было много крестьян, бежавших от своих господ на Дон.
4 сентября Разин подошел к Симбирску и начал его осаду. Правительственные войска укрылись за стенами крепости, но большая часть города была в руках Разина. В это время восстание охватило новые районы Поволжья. Атаманы Разина расходились из-под Симбирска и поднимали народ на борьбу. Осипов взял Алатырь, пошел далее вниз по р. Суре, затем занял Курмыш и Козьмодемьянск. В этом районе к восставшим примкнули отряды чувашей, марийцев и татар. Восстания произошли в торгово-промышленных селах под Нижним Новгоро-дом — Лыскове, Мурашкине, Ворсме, Павлове и др. Соединившись с отрядом Осипова, восставшие крестьяне подвергли осаде Макарьев-Желтоводский монастырь и взяли его. Атаман Михаил Харитонов занял Саранск, двинулся к Пензе, взял ее без боя, захватил Нижний и Верхний Ломов. В Кадомском уезде восставших возглавил крестьянин Чирок, в Шацком уезде — крестьянин Шилов, в Тамбовском — казак Мещеряков. Бывшая крестьянка — монастырская старица Алена — во главе отряда восставших овладела Темниковым. На левом берегу Волги происходили восстания крестьян Галичского уезда, волнения охватили также удмуртских крестьян.

Положение главных сил Разина под Симбирском было трудным. Трехкратный штурм симбирской крепости к успеху не привел. Под Симбирском Разин потерпел серьезное поражение. Еще в течение нескольких месяцев восстания продолжались в Поволжье. Осенью того же года восстание вспыхнуло на Слободской Украине, куда направился брат Степана Разина — Фрол.
Карательные действия царских войск повсюду наталкивались на исключительно упорное сопротивление. Во второй половине ноября вновь началось восстание в Арзамасском уезде. Упорно оборонялись восставшие в Темникове, большие бои произошли под Тамбовом. Только в конце ноября завершалось подавление восстания в районе Нижнего Новгорода. Пенза была взята правительственными войсками лишь к концу декабря 1670 г. До весны 1671 г. оборонялись восставшие в Ядринском и Цивильском уездах. До ноября 1671 г. восставшие держали в своих руках Астрахань.
Но силы были неравными. С чудовищной жестокостью расправлялось правительство с восставшими. Струги с виселицами медленно плыли вниз по Волге для устрашения населения. В Арзамасе было казнено не менее 11 тыс. человек.
Вскоре трагически решилась и судьба самого Разина — в апреле он вместе с братом был схвачен домовитыми казаками и выдан правительству. 2 июня его привезли в Москву. Через два дня после допроса, сопровождавшегося пыткой, Разин был казнен (четвертован) в Москве. Даже схваченный и закованный, даже казнимый, Разин был страшен московскому правительству. Тройные ряды стрельцов и солдат отделяли Разина от собравшегося народа. Только небольшое число бояр и иностранцев было допущено к месту казни.
Однако сопротивление народных масс продолжалось в разных концах страны и в различных формах. Много людей уходило в далекие раскольничьи скиты. Именно в те
годы начались страшные самосожжения, когда раскольники предпочитали мученическую смерть сдаче царским отрядам. В некоторых местах раскольническое движение приобрело характер массового восстания, как это произошло в Соловецком монастыре.

Монастырь еще в конце 50-х годов отказался признать реформу Никона. Попытки церковных властей уговорить соловецких монахов оказались безуспешными. Посланных из Москвы стрельцов встретили огнем пушек с монастырских стен. Так началось в 1668 г.  восстание в Соловецком монастыре. Большие запасы продовольствия позволяли выдержать долгую осаду. Против царских войск все более активно стали выступать монастырские крестьяне. Социальный состав восставших изменялся в сторону усиления крестьянских элементов. После поражения восстания Разина в монастырь пришли многие из его участников. Руководящая роль в движении перешла от старцев к крестьянам. Это отразилось на отношении монахов к восстанию. В результате их измены в январе 1676 г. монастырь был взят царскими войсками. После подавления Соловецкого восстания правительство усилило репрессии над руководителями раскола. Смертной казни был предан протопоп Аввакум.
Царскому правительству с огромным трудом удалось утопить в крови народные движения третьей четверти XVII в.