Вступая на престол, Борис Годунов освободил заключенных, сложил надоимки по налогам и податям, дал некоторые льготы служилым и посадским людям. Но события ближайших лет показали, что никакими мерами предотвратить народные выступления было нельзя. Положение в стране еще более ухудшилось вследствие неурожая в 1601 г. в центральных областях России. Быстро поднялись цены на хлеб — в шесть и более раз. Попытка  Годунова  установить предельную цену на хлеб была безуспешной, хотя и была подкреплена репрессивными мерами. Толпы голодных людей ходили по дорогам, собирались в городах, нападали на обозы. В ноябре 1601 г. Борис Годунов временно отменил запрет крестьянам уходить от своих владельцев. На следующий год положение стало еще хуже. К голоду прибавились эпидемии, и началось массовое вымирание населения. По улицам городов и на дорогах лежало множество мертвых и умирающих от голода людей. Ели кошек и собак, местами началось даже людоедство. Десятки и сотни тысяч голодных людей пришли в те годы в столицу, надеясь найти там спасение. Были организованы государственные работы, в том числе завершение строительства колокольни Ивана Великого в Кремле, но спасти огромную массу людей от голода они не могли. 127 тыс. человек было похоронено в Москве только на трех кладбищах, а всего в Москве погибло, по-видимому, около полумиллиона человек.
Между тем хлеб в стране был. В Кириллово-Белозерском монастыре было 250 тыс. пуд. хлеба, его хватило бы на прокормление 10 тыс. человек в течение года. Был хлеб в других монастырях. Соловецкие монахи за-нимались спекуляцией — покупали хлеб по рублю за четверть (около 200 кг, до голода она стоила 15 — 16 коп.), а продавали по полтора. Так же поступали и троицкие монахи, сам патриарх Иов ждал повышения цен и не продавал свой хлеб, хотя возносил молебны и служил панихиды по умершим от голода. Монастыри пользовались народным бедствием и закабаляли в эти годы множество обнищавших крестьян.

В 1602 — 1604 гг. произошли волнения крестьян в дворцовой Комарицкой волости, вотчинах Ново-Печерского Свенского, Болдина Дорогобужского, Новодевичьего и других монастырей. Зимой 1602 г. и в 1603 г. многие подмосковные районы были охвачены массовыми «татьбами и разбоями». Рост народного недовольства старались использовать в своих интересах те феодальные группировки, которые были  враждебны  Годунову. Церковь
проповедовала, что голод — это наказание за грехи, за Годунова, за преследования бояр, за то, что холопы не слушаются господ.
Годунов разрешил холопам уходить от господ, если те не могли их прокормить. Тем не менее в 1604 г. все Подмосковье было охвачено массовым движением холопов под предводительством Хлопки Косолапа. Восстание было, однако, подавлено. Хлопка, схваченный раненым в плен, был казнен в Москве.
Но народное восстание только еще поднималось. Тесно сплетались различные по характеру социальные противоречия.

Слухами о том, что царевич Дмитрий жив, воспользовались для выдвижения самозванца. По всей видимости, человек, объявивший себя «чудесно спасшимся» «Димитрием», был беглым монахом Чудова монастыря в Москве Григорием Отрепьевым. Самозванец появился в Польше, вошел в тесные сношения с магнатами, королем и представителем римского папы — нунцием в Варшаве. Было заключено несколько тайных соглашений: о том, что по достижении с помощью короля и католической церкви московского престола «Димитрий» поможет Речи Посполитой в войне со Швецией; отдаст Северскую землю, Псков, Новгород и половину Смоленской земли магнатам Мнишкам (с молодой Мариной Мнишек он обручился), а также большие суммы денег.. Самозванец тайно перешел в католическую веру и обещал папскому представителю содействовать распространению католицизма в России.
Авантюра «Димитрия» не была его личным делом. По меткому замечанию В. О. Ключевского, он был «лишь испечен в польской печке, а заквашен в Москве». Знать откровенно ориентировалась на иноземные силы, на Речь Посполитую, подобно тому как это делал в свое время А. М. Курбский, а еще раньше — соперники Московского великого князя. Вариант с самозванцем подходил и для магнатско-шляхетских кругов в Польше, потому что давал возможность осуществить агрессивные замыслы под флагом поддержки «законного» царя.
В конце лета 1604 г. войско самозванца двинулось из Львова. «Димитрий» избрал путь не через сильно укрепленный Смоленск, а через охваченные крестьянскими волнениями юго-западные Северские земли. Расчет на царистские настроения народа первоначально оправдался вполне, тем более что Лжедмитрий обещал щедрые льготы от налогов. Не только крестьяне и казаки, но и значительная часть служилых людей перешла на сторону самозванца, надеясь с его помощью избавиться от засилья бояр. Город за городом сдавались «Димитрию», но в самом начале 1605 г. Годунову удалось разбить самозванца. Лжедмитрия укрыли местные крестьяне. Вскоре снова собрались силы под его знаменем и двинулись на Москву. В столице народ с нетерпением ждал прихода «Димитрия», веря, что с ним установится «справедливый» порядок. Внезапная смерть Бориса Годунова ускорила развязку событий. Поднялось восстание против его наследников, которые были убиты. В июне 1605 г. Лжедмитрий триумфально вступил в Москву.

Воцарившись в Москве, Лжедмитрий, однако, не спешил с выполнением обещаний. Он не мог их выполнить, потому что слишком разнородны были силы, поддерживавшие его, и цели у них были разные. Все же некоторые меры для укрепления своей власти Лжедмитрий предпринял. Он осыпал милостями оттесненных Годуновым родственников первой жены царя Ивана Грозного — Романовых, которые были возвращены из ссылки, а Филарет Романов поставлен ростовским митрополитом. Служилые люди получили новые привилегии. Уход крестьянам разрешался теперь только в случае угрозы голодной смерти, пятилетний же срок сыска беглых крестьян был восстановлен. Город Путивль, активно поддержавший самозванца, на десять лет освобождался от всяких налогов и повинностей. Лжедмитрий понимал, что наиболее реальной опорой власти являются служилые люди и верхушка посада, и действовал сообразно этому. Все это вызвало недовольство знати. Стольник Иван Безобразов тайно приехал к польскому королю Сигизмунду с жалобой на «Димитрия» и просьбой дать на Москву в цари человека более «разумного» — яркое свидетельство тому, что авантюра самозванца была устроена московской знатью. Ее посланец прямо просил на московский трон сына короля Владислава. Духовные феодалы тоже стали враждебно относиться к Лжедмитрию, потому что тот обложил налогами монастыри и находился в очевидных связях с католической церковью. Но главной силой, решившей судьбу Лжедмитрия, были народные массы, которые довольно скоро распознали действительное лицо этого авантюриста.

Подъем народного недовольства знать опять решила использовать в своих интересах — теперь уже против Лжедмитрия. На рассвете 17 мая 1606 г. над Москвой зазвучал набатный колокол. Началось поднятое Шуйским восстание. Лжедмитрий был убит, Марину спасли бояре. Трупы Лжедмитрия и его сподручного Басманова были преданы публичному поруганию на Лобном месте, потом сожжены. Прах их смешали с порохом, зарядили пушку и выстрелили в ту сторону, откуда явился в Москву авантюрист. С самозванцем было покончено, а на престоле оказался «выкрикнутый» на Красной площади 19 мая боярин князь Василий Иванович Шуйский.
Новый царь дал так называемую крестоцеловальную запись, которой гарантировал сохранение всех привилегий боярства — и прежде всего — не отнимать вотчин и не судить бояр без Боярской думы. Вскоре ему пришлось столкнуться с еще большим народным восстанием, которое по размаху превзошло все до сих пор происходившие. Крах иллюзий, связанных с «Димитрием», тяжесть положения измученного народа создали благоприятную обстановку для начала нового всенародного движения. Оно началось на Северской Украине, давно уже охваченной народными волнениями. Возглавил его бывший холоп Иван Исаевич Болотников.