Внутреннее положение Российского государства оставалось непрочным, потому что княжеско-боярская оппозиция не хотела мириться с установлением самодержавия в стране и претендовала на сохранение своих привилегий. Внезапная болезнь царя в 1553 г. привела к обнаружению серьезных противоречий среди ближайшего его окружения. В то время как на случай возможной кончины царя было велено присягнуть на верность его малолетнему сыну Дмитрию, часть знати стала присягать сыну казненного еще в период боярского правления старицкого князя Владимиру Андреевичу. Среди присягнувших оказались и некоторые члены «Избранной рады», в том числе духовник царя Сильвестр. Иван IV, однако, выздоровел. Его подозрительность и жестокость еще более усилились после эпизода с присягой, который свидетельствовал о политической позиции определенной части знати в вопросах централизации государства. Были наложены опалы и учинены казни. Борьба принимала все более острый характер.

Продолжалось осуществление ряда новых реформ. Самой крупной из них была отмена кормлений, произведенная в 1555 — 1556 гг. В пограничных городах для управления войском назначались служилые люди — воеводы, которым со временем стала даваться также судебно-административная власть. Во всех других местах вводилась система своеобразного самоуправления. Из зажиточных черносошных крестьян («лучших людей»), верхушки торговых людей выбирались земские старосты, которые должны были заниматься раскладкой налогов и повинностей и разбирать судебные дела. Предоставляя более широкие возможности для участия в местном управлении служилому дворянству и купечеству, земская реформа, проведение которой затянулось до 70-х го-дов XVI в., усилила централизацию управления на местах, потому что выборные люди были подчинены правительственным учреждениям и являлись звеньями государственного аппарата. Надзор за деятельностью земских старост осуществляется губными старостами (губная реформа была завершена в середине 50-х годов), а в северных черносошных волостях — московскими приказами («четвертями»).

Задачи укрепления централизованного государства выдвигали необходимость усиления его связей со странами Западной Европы. Теперь, когда решена была проблема безопасности на Востоке, можно было приступить к борьбе за выход на морское побережье, что имело особенно важное значение. Как отмечал Ф. Энгельс, — «Буржуазная цивилизация распространялась вдоль морских берегов и по течению больших рек. Земли же, лежащие далеко от моря, и особенно неплодородные и труднопроходимые горные местности, оставались убежищем варварства и феодализма»¹. Конечно, Иван Грозный не мог ставить тогда перед собой сознательную цель — развитие «буржуазной цивилизации». Но опыт европейских стран, быстро обогащавшихся за счет овладения морскими торговыми путями в эпоху великих географических открытий, наглядно свидетельствовал о том, какие возможности открывает развитие торговли для обогащения государственной казны. В морском побережье было заинтересовано и развивающееся купечество, а в прибалтийских землях нуждалось растущее дворянство.

Измена Курбского и переход его на сторону врага не были случайностью — они отразили сложность внутриполитического положения Российского государства в период установления самодержавия. Курбский постарался как можно яснее объяснить причины своего поступка, прислав послание Ивану IV из литовского города Вольмара. Курбский недвусмысленно указывал на то, что причиной его расхождения с царем является установление единодержавия, оттеснение от власти княжеско-боярской знати. Вспоминая события недавних лет, Курбский утверждал, что дела государства шли хорошо, пока Грозный действовал вместе с мудрыми советниками «Избранной рады», и что полоса неудач и поражений началась с того, что Грозный стал подвергать гонениям и казням ближайших своих советников. Близкий к «нестяжателям» князь Курбский видел причину гонений на бояр как в злом характере царя, так и во влиянии на него осифлянских церковников. В этом и других (их было всего три) посланиях Курбского, а также в его «Истории о великом князе Московском» высказывались мысли, согласно которым наибольший успех при решении государственных вопросов обеспечивает такой политический строй, при котором знать занимает важное место в государстве. Само бегство А. М. Курбского в Литву и последующая его деятельность в качестве члена Королевской рады в Речи Посполитой указывают на то, что политический строй государства, в котором магнатам принадлежали исключительно широкие права, а королевская власть была весьма ограниченна, представлялся Курбскому лучшим вариантом и для развития России. Однако исторический опыт показал, что именно аристократия довела Речь Посполитую до полного развала, утраты национального единства и государственной независимости.
Иван Грозный ответил обширным посланием, в котором видны незаурядный ум и необузданный характер его автора. Грозный резко отверг концепцию Курбского. Он ссылался на опыт боярского правления в 30 —40-х годах, доведший страну до развала, и обвинял своих недавних советников в корыстолюбии и непонимании государственных интересов. Грозный формулировал идею «божественного происхождения» своей власти, настаивая на своей особой ответственности перед богом за врученное ему государство. Осифлянский тезис о божественном происхождении царской власти содержал в себе идею нравственного руководства и, соответственно, влияния церкви на царя. Иван I V сделал упор на другую сторону вопроса — на неограниченность и неподконтрольность своей власти, как полученной от самого бога, а не «многомятежным человеческим хотением», как ядовито намекал Грозный на любезные Курбскому политические порядки в Речи Посполитой, где правители были выборными. Ссылаясь на многочисленные тексты «священного писания» и подчеркивая древность своего царского рода, царь гневно обрушился на бояр, претендующих на соучастие во власти. Никто, в том числе и церковники, не могут вмешиваться в дела светской власти. Тезису Курбского о старинном праве свободного отъезда бояр к другому государю Грозный противопоставлял понятие государственной измены.
Эту идею Грозный проводил настойчиво и последовательно. Она красной нитью проходит и через другое послание Курбскому, написанное десять лет спустя, когда русским войскам удалось взять тот самый город Вольмар, откуда Курбский писал свое первое послание. В послании в Кириллово-Белозерский монастырь (1573 г.) Иван IV осудил монахов за поддержку и укрытие опальных бояр, требовал невмешательства церковников («живых мертвецов») в светские дела. В духовном завещании, датируемом обычно 1572 г., Иван IV развивал мысль о том, что государь должен в совершенстве знать все области государственного управления, чтобы иметь возможность контролировать ход государственных дел и принимать решения со знанием дела, а не по подсказке советников. Островпечатлительный ум Ивана IV формировался в обстановке жестоких княжеско-боярских междоусобиц, и идея единовластия запала ему на всю жизнь как самое верное средство спасения государства от разорительных распрей знати. Особенности его характера — жестокость, подозрительность, садистские наклонности — придавали борьбе Ивана IV за укрепление самодержавия самые жестокие и ужасные формы.

После некоторой подготовки царь принял необычное решение. Он покинул Москву, а в январе 1565 г. из Александровской слободы прислал в столицу два послания. В одном из них, адресованном духовенству и служилым людям, Иван IV заявил о своем отказе от власти ввиду измен со стороны бояр и князей и пособничавших им церковников. В другом, обращенном к посадским людям, царь говорил о том же и прибавлял, что на посадских людей у него гнева нет. Это был рассчитанный политический маневр. Используя царистские настроения народа и его ненависть к боярской знати, Иван IV хотел, чтобы его были вынуждены просить вернуться на царство, а тогда можно будет продиктовать чрезвычайные условия. Когда так и случилось, как рассчитывал Изан IV, он объявил об учреждении особого государева удела — «опричнины», в который отбирал земли по своему усмотрению. В опричнине организовывалось особое войско, которое испомещалось на отошедших в государев удел землях. Вотчинники-бояре с этих земель выселялись в остальную часть государства, которая была названа «земщиной». В опричнину были взяты не только лучшие для земледелия земли, но и особо важные в военно-стратегическом  отношении территории. Значительная часть Замосковного края и Новгородско-Псковской земли (непосредственно связанной с театром военных действий в Ливонской войне) попали в опричнину. Там же оказалась часть московского посада, торгово-промысловые города поморского Севера, владения Строгановых.
Чисто феодальным методом хотел справиться Иван IV с феодальной системой раздробленности страны. Уничтожить удельную систему и ее пережитки Иван IV решил путем устройства нового, своего собственного удела. Поскольку сами феодалы отстаивали именно удельный, вотчинный порядок, «опричный удел» Ивана Грозного оказывался вне досягаемости их претензий.
Опричнина серьезно подрывала княжеско-боярское землевладение. Вместе с тем опричнина стала мощной военно-карательной организацией в руках царя. Обложив земщину огромным налогом в 100 тыс. рублей на заведение опричного войска, Иван IV создал своего рода полумонашеский, полурыцарский орден, основанный на щедрых земельных и денежных пожалованиях и беспрекословном повиновении царю. В черном одеянии, с притороченными к седлам собачьими головами и метлами, что должно было символизировать собачью преданность царю и готовность смести с лица земли его врагов, опричники клялись, вступая в службу, отречься даже от родителей и подчиняться только воле царя и поставленных им начальников. Большинство опричников (сначала их была тысяча человек, позднее это количество увеличилось) состояли из дворян-помещиков, незначительную часть составляли выходцы из княжеско-боярской среды и иностранцы-наемники. В опричнине сложился свой государственный аппарат во главе с опричной думой. Земская Боярская дума находилась под контролем Ивана IV.
Учреждая опричнину, Иван IV выговорил себе право казнить бояр без суда Боярской думы. Сразу же после учреждения опричнины началась полоса казней бояр, ссылок их в монастыри. Удел старицкого князя Владимира Андреевича был ликвидирован. Опричный террор ударил не только по знати, но и по населению их владений, куда врывались опричники, бесчинствовали и грабили людей.
Опричнина вызвала недовольство и озлобление против царя среди феодальных верхов. Митрополит Афанасий не захотел связывать себя поддержкой царя и оставил место главы церкви «по болезни». Другой представитель высшего духовенства — казанский епископ Гермоген — попытался протестовать против опричных казней, за что был выслан. На митрополию был возведен призванный из Соловецкого монастыря игумен Филипп, бывший боярин Колычев.
В сложной внутренней и внешней обстановке Иван IV собрал в 1566 г. Земский собор для обсуждения вопроса о продолжении Ливонской войны. На Соборе дворяне решительно поддержали правительство в отношении продолжения Ливонской войны. Позиция дворянства- в немалой степени объясняется тем, что при овладении прибалтийскими землями там сразу же устанавливалось землевладение русских дворян, с которыми теперь они, естественно, не желали расставаться. Сложнее обстояло дело с вопросами внутренней политики. На Соборе отчетливо прозвучало недовольство опричниной и даже осуждение ее. Ответом были новые казни. Но казни и репрессии лишь усиливали сопротивление враждебных царю сил. Осенью 1567 г. был раскрыт заговор боярина И. П. Федорова, подготавливавшего арест царя и выдачу его польскому королю. И. П. Федоров У и его сообщники были казнены. Тогда против царя выступил глава церкви митрополит Филипп, отказавший царю в благословении. Но Ивана IV не остановил высокий церковный сан — Филипп был сослан в тверской Отрочь монастырь. Во время похода через Тверь на Новгород ближайший сподручник царя по опричнине Малюта Скуратов убил Филиппа в монастырской келье. Внешнеполитические дела были также безуспешными — переговоры о союзе с Англией и Швецией, для завершения Ливонской войны ни к чему не привели.
Одновременно стали распространяться слухи о том, что Новгород снова, как в конце XV столетия, замышляет «отдаться» под власть противника Российского государства в Ливонской войне — Великого княжества Литовского. Иван IV сначала повторил ту же меру, что и его дед, осуществив массовый «вывод» из Новгорода и Пскова местной знати. Затем,
после того как в Москве отравили в 1569 г. князя Владимира Андреевича Старицкого, царь в декабре того же года отправился с опричным войском походом на Новгород.
Гнев Ивана Грозного был не случайным, потому что в Новгороде было живуче воспоминание о прежней вольности, подогревавшееся местной знатью в условиях притеснения новгородцев московской администрацией. Кроме того, новгородцы были недовольны затянувшейся Ливонской войной, потому что эта война разоряла Новгородскую землю и мешала торговле Новгорода с зарубежными странами.
Этот поход Ивана Грозного по собственной стране был одним из самых тяжелых проявлений опричнины. Города и села по пути были разграблены, жители подвергнуты казням, пыткам, насилиям. Разгрому подверглись Клин, Тверь, Торжок. Особенно лютовал Малюта Скуратов. Затем Иван I V вступил в Новгород и в течение сорока дней подвергал его разгрому. Были взяты все ценности в новгородских церквах и монастырях, над новгородским архиепископом учинили публичное поругание. Опричники врывались в дома новгородцев, били и грабили всех подряд. Потом царь подошел к Пскову, но ограничился лишь взятием контрибуции с города и казнями нескольских заподозренных в измене лиц.
Разгром Новгорода и других территорий, по которым прошло опричное войско, был проявлением крайней жестокости Грозного и разгула его слуг-опричников. Поход 1570 г. нанес громадный урон наиболее развитой части России и ухудшил положение в войне.
Опричный террор был попыткой силой подавить сопротивление не только боярской знати, но и народных масс. Опричнина была направлена и против пережитков феодальной раздробленности, и против антифеодальных выступлений народа, она имела целью укрепить феодальный строй в форме централизованного самодержавного государства. Объекты, по которым опричнина наносила удар, были не вымышленными, а вполне реальными — они лежали в плоскости классовых и внутриклассовых отношений в России второй половины XVI в. Но так как это была попытка грубой силой сломать то, что покоилось на определенных экономических основах, свойственных тому же самому феодальному способу производства, то опричнина могла дать лишь временный, неустойчивый эффект и привести к еще большему обострению противоречий.
Более того, в самой опричнине скоро оказались многие крупные феодалы и монастыри, желавшие, таким образом спастись от истребления. Из среды опричников вырастала новая знать, не отличавшаяся по своим замашкам от старой. Уже в 1570 г. Иван IV обнаружил измену среди самих опричников. Ближайшие к царю опричники — Басмановы и Вяземские были биты кнутом и сосланы. После новгородского похода казни продолжались. По обвинению в измене были казнены И. М. Висковатый и др.
Не помогла опричнина и для победы в Ливонской войне. Положение еще более осложнилось тем, что силы противников России увеличились, когда по Люблинской унии в 1569 г. Литва и Польша объединились в одно государство — Речь Посполитую. Дипломатические усилия Ивана IV, вплоть до выдвижения собственной кандидатуры на пустовавший одно время польский королевский трон, не дали результата. В 1571 г. последовал новый удар — на этот раз с юга. Крымский хан Девлет-Гирей, находившийся в связи с Речью Посполитой, вторгся в самый центр России и сжег Москву. В следующем году Девлет-Гирей повторил набег, но на этот раз его встретили войска под командованием князя М. И. Воротынского: на р. Молодь, близ Серпухова, татары потерпели поражение.
Все это привело к тому, что в 1572 г. Иван I V не только отменил опричнину, но даже запретил под страхом смертной казни самое упоминание этого слова. «Земщина» была вновь объединена с бывшей опричниной под одной властью, хотя и до этого Иван IV фактически правил и той и другой частями страны. Началась новая перетасовка земель. Часть земель была возвращена их прежним владельцам — Иван I V метался от одних лиц и группировок к другим, ища поддержки и в то же время видя повсюду заговоры и измены. Казни продолжались — были казнены М. И. Воротынский, князь Мстиславский. Иван I V еще раз попытался совершить маневр, демонстративно поставив во главе государства
в 1575 — 1576 гг. крещеного татарского царевича Симеона Бекбулатовича, а себя именуя «князем Московским». Это давало возможность Ивану Грозному, не утрачивая реальной власти в стране выдвигать свою кандидатуру на польский престол, чтобы, таким образом, закончить Ливонскую войну.

Во второй половине 70-х годов началось новое наступление русских войск в Прибалтике, приведшее к овладению почти всей ее территорией. Но успехи были недолговременными. Уже в 1578 г. русские войска потерпели ряд поражений. В 1579 г. шведы вторглись в Новгородскую землю, а новый польский король Стефан Баторий штурмом взял Полоцк. В следующем году положение стало еще хуже — Баторий взял Велиж и Усвят и осадил Великие Луки, а с юга снова совершили нападение крымские татары. В 1581 г. Стефан Баторий подошел к Пскову. Только героическая оборона псковичей против стотысячного польско-литовского войска изменила исход войны. 31 штурм был отбит псковичами, 46 раз они совершали смелые вылазки в стан осаждающих. Неудача осады Пскова вынудила Стефана Батория заключить в 1582 г. Ям-Запольское перемирие с Россией, по которому Россия потеряла Велиж на границе Смоленской земли, но сохраняла устье р. Невы. О заключении мира хлопотала католическая церковь, представитель которой Антонио Поссевино явился в Москву и всеми силами старался использовать трудное положение Российского государства к выгоде католической Речи Посполитой. По перемирию со Швецией (1583 г.) Россия отдавала Нарву, Ям,  Копорье, Ивангород.
Неудача в Ливонской войне была следствием того, что экономика России не могла выдержать длительного напряжения в борьбе с более сильным противником. Эта неудача была результатом неблагоприятно развернувшихся международных событий, а также острой внутренней борьбой в Российском государстве, силы которого были подорваны опричниной.
Спустя год после перемирия со Швецией, в 1584 г., Иван IV умер.