Выражением компромисса между разными слоями господствующего класса в начале правления Ивана IV была так называемая «Избранная рада» — небольшой круг приближенных к царю лиц, точный состав которого не вполне ясен. Само выражение «избранная рада» было употреблено бывшим ее участником князем А. М. Курбским в одном из его посланий к Грозному. В составе «Избранной рады» оказались представители служилых людей, каким был А. Ф. Адашев — выходец из незнатных, но крупных землевладельцев; духовенства, какими были митрополит Макарий и духовник царя, протопоп кремлевского Благовещенского собора Сильвестр; из княжеско-боярской знати, какими были молодой князь Андрей Курбский и князь Михаил Воротынский; представитель придворной администрации И. М. Висковатый и др.

Программа действий Ивана IV и его окружения была высказана на собранном в феврале 1549 г. совещании членов Боярской думы и представителей духовенства и служилых людей. Это был первый Земский собор, положивший начало непериодическому созыву таких совещаний представителей сословий, которые высказывали свои позиции по предлагавшимся царем вопросам. Земские соборы не ограничивали власть царя, но служили для совета и в последующем — опоры в проведении политических мероприятий. Политика компромисса между различными слоями господствующего класса нашла в Земских соборах одно из наиболее ярких проявлений. В России, как и в других странах Европы, наступила полоса сословно-представительной монархии.
На Соборе 1549 г. Иван IV выступил с резким осуждением боярского правления в годы, предшествовавшие его воцарению, и призвал к совместным усилиям для укрепления государства. При этом сразу же были приняты меры к улучшению положения дворян, которые были освобождены от подсудности боярам-наместникам и по всем судебно-административным делам перешли непосредственно в ведение государства. Эта мера одновременно укрепляла царскую власть и ослабляла позиции бояр-наместников. Митрополит Макарий поддержал царя. Было решено приступить к составлению нового Судебника, который должен был установить твердый порядок суда и управления в Российском государстве.

По Судебнику 1550 г. власть наместников была ограничена. В разбирательстве дел на местах теперь обязательно должны были принимать участие выборные земские старосты — из числа местных служилых людей. Были отменены податные льготы монастырей, что также укрепляло централизованную власть и ослабляло материальную опору церкви. По отношению к крестьянам была повторена норма предшествующего Судебника о Юрьевом дне с некоторым увеличением размера «пожилого» и распространением ее на вновь присоединенные земли.

Тогда же, в 1550 г. была предпринята еще одна мера централизации управления — на время военных походов ограничивалось местничество при назначении на командование войсками. Одновременно было решено «испоместить» в Московском уезде «избранную тысячу» — 1070 дворян, которые должны были составить ядро дворянского ополчения, опору самодержавной власти. Вопреки советам Пересветова, правительство пошло по пути обеспечения служилых людей не только денежным жалованьем, но прежде всего поместными «дачами». Порядок прохождения служилых людей «по отечеству» — дворян и так называемых детей боярских, низшего слоя служилых людей «по отечеству», был определен изданным в 1556 г. «Уложением о службе». Служба переходила по наследству («отечеству») и начиналасьс 15 лет; до этого возраста дворянин считался «недорослем». Вступать в служилые люди по «отечеству» могли также «новики» из числа лично свободных людей, формально оклады давались в пределах от 150 до 450 дес. земли в трех полях и от 4 до 7 руб. в год. На практикеу государства не хватало ни денег, ни свободных земель. С каждых 150 дес. земли бояре и дворяне должны были выставлять одного воина на лошади с вооружением. Если выставлялось больше воинов, то за это полагалось дополнительное денежное жалованье землевладельцу, а если меньше, то налагался штраф.
В 1550 г. было создано стрелецкое войско, вооруженное огнестрельным оружием — «пищалями», и холодным бердышом за спиной, мечом или саблей на боку. Первоначально было набрано три тысячи человек, сведенных в «приказы» по 500 человек в каждом и составивших личную охрану царя. К концу XVI в. стрельцы насчитывали уже до 25 тыс. и несли постоянную службу не только в столице, но почти во всех городах страны.
Стрельцы относились к так называемым «служилым людям по прибору». В службу «по прибору» мог поступить любой свободный человек, но она не считалась наследственной и была низшей по отношению к службе «по отечеству». К «приборным» людям относились также казаки, пушкари, воротники, казенные кузнецы и др. Они несли службы по городам, где селились особыми слободами, и по границам государства. Наиболее распространенной формой их обеспечения были опять-таки земельные «дачи», только не индивидуальные, ь коллективные, из которых «приборные» люди получали участки для личного пользования. Безземельным «приборным» людям выдавалось денежное и хлебное жалованье, но эта выплата была крайне неаккуратной. Вследствие этого служилые люди «по прибору» вынуждены были заниматься ремеслом и торговлей, что отвлекало их от служебных обязанностей и снижало их боеспособность. Тем не менее в середине и второй половине XVI в. постоянное (хотя еще и не регулярное) стрелецкое войско явилось наиболее мощной боевой силой Российского государства.
Во второй половине XVI в. в войско влились казаки, жившие на Дону. Казаки использовались преимущественно для несения пограничной службы в городах («городовые казаки»). В том случае, когда казаки вступали на службу целыми станицами, у них сохранялось прежнее выборное самоуправление во главе с атаманами. Казаки получали жалование, как правило, в виде земельных наделов.
Во время войны войско пополнялось людьми, которых приводили с собой землевладельцы («боярские люди») и которые выставлялись с тяглых дворов города и деревни («сборные люди» и «посошные люди»). Без боярских и посошных людей войско к концу XVI в. насчитывало свыше 100 тыс. человек, т. е. примерно около полутора про-центов населения страны. Кроме того, в войске служили две с половиной тысячи наемных поляков, немцев и других иностранцев.
В 1571 г. появился первый военный устав, посвященный организации сторожевой и станичной службы на границах, составленный М. И. Воротынским.
С выходом на Балтику в 1558 г. в устье р. Нарвы была построена гавань «для корабельного пристанища», но тогда создать флот на Балтике не удалось. Лишь в 1570 г. Иван IV смог завести наемный каперский флот для нападения на торговые суда противника.

Для содержания войска были введены новые налоги, заново описаны земли для определения налогов и повинностей. В связи с этим была установлена единая для всего государства мера определения доходности «соха» — земельная единица, зависевшая от принадлежности и качества земли. В городах в «соху» включалось определенное количество дворов. Установлены новые налоги — «пищальные деньги», на содержание стрелецкого войска, и «полоняничные» деньги — на выкуп пленных.

Общий процесс централизации неизбежно должен был охватить и церковь, игравшую важную роль в жизни средневековой России. Между тем внутри самой церковной организации существовали заметные различия в составе «святых», которым поклонялись в разных землях, не было строгого порядка в исполнении церковных обрядов, отсутствовала четкая система внутреннего управления. Такое положение церкви волновало не только ее руководителей, но и царскую власть, которая нуждалась в мощной церковной организации как инструменте осуществления централизаторской политики.
Появившаяся в начале 50-х годов так называемая «Валаамская беседа» — публицистическое произведение неизвестного автора, написанное в форме диалога, якобы происходившего в монастыре на острове Валаам, проповедовала нестяжательскую идею о несовместимости монашеского жития с владением населенными землями. Более того, «Беседа» обвиняла монахов в подлогах «святых божественных книг», в том, что они изымают «подлинное преподобных и святых отец писание, и на то место в те книги приписывают лучшая и полезная себе». Автор отвергал также претензии духовенства на участие в государственном управлении.
В этой обстановке начался церковный Собор 1551 т., созванный по инициативе царя и патриарха. Собор получил название «Стоглавого»,так как его постановления состояли из ста глав. На Соборе, помимо высшего духовенства, присутствовали служилые люди. Иван IV стремился, во-первых, заручиться поддержкой со стороны церкви в проводимых им реформах, и во-вторых, дополнить эти централизаторские мероприятия соответствующими реформами в церкви, придав последним государственный характер. В начале Собора царь обратился с призывом одобрить Судебник и другие реформы, а также поставил ряд вопросов относительно «исправления» церковных дел. Помимо осуждения получивших широкое распространение многих пороков в поведении церковников и принятия мер по наведению порядка в их среде Собор продолжил оформление нового единого пантеона русских «святых», что способствовало преодолению местного сепаратизма в церковной организации. По вопросу о церковном землевладении дело кончилось компромиссом: было решено отдать прежним владельцам земли, приобретенные церковью после 1553 г., а впредь приобретать и продавать земли только с царского разрешения. «Стоглав» запретил церковникам ростовщичество как в денежной, так и в натуральной форме («хлеб внаем»). На практике решения «Стоглава» нередко нарушались, процесс обогащения церкви продолжался и во второй половине XVI в. Лишь в условиях Ливонской войны правительству удалось добиться соборного приговора 1581 г. о запрещении церкви приобретать вотчины.