Правление Ивана III проходило в обстановке напряженной борьбы за укрепление великокняжеской власти. Во второй половине 70-х годов XV в. осложнились отношения с церковью. Дело дошло до открытого конфликта между великим князем и митрополитом Геронтием. Причиной было стремление церковных властителей воспротивиться усилению власти великого князя над церковью.
Острая борьба развернулась вокруг вопроса о престолонаследии, имевшего в условиях феодальной монархии первостепенное политическое значение. После смерти в 1490 г. сына Ивана III от первой жены — тверской княгини Марии Борисовны — Ивана Ивановича остался внук Дмитрий Иванович; в то же время на престолонаследие претендовал сын Ивана III от Софьи Палеолог — Василий Иванович. За обоими претендентами стояли и действовали придворные группировки, хотя состав их и цели не вполне ясны по источникам. В 1497 г. заговорщики из среды придворных, поддерживавшие Софью и Василия, замыслили убить Дмитрия. Заговор был, однако,  раскрыт;  его участников казнили.
В следующем году Дмитрий Иванович был торжественно венчан в Успенском соборе в качестве соправителя своего деда. На голову Дмитрия впервые возложили «шапку Мономаха», ставшую символом московской велико-княжеской власти. Но уже в 1499 г. Иван III поставил Василия Ивановича великим князем Новгорода и Пскова, а в 1502 г. Дмитрий вместе со своей матерью Еленой, дочерью молдавского господаря, недавней единомышленницей великого князя по терпимому отношению к еретикам, были «пойманы» и отправлены в заточение. Василий Иванович стал великим князем Владимира и Москвы вместе с отцом. Эти перемены отражают политику лавирования Ивана III между соперничающими группировками.

Надежное средство укрепления центральной власти московские правители видели в распространении дворянского, помещичьего землевладения. Зависимые от великокняжеской власти и заинтересованные в ее укреплении дворяне-землевладельцы являлись ее прочной социальной опорой и военной силой. Система поместного землевладения создавала возможность установления единых административно-судебных порядков на всей территории страны без иммунитетных изъятий. Но для развития поместной системы нужны были земли, населенные и обрабатываемые крестьянами. Между тем на протяжении XIV — XV столетий обрабатываемые земли оказались сосредоточенными в вотчинах крупных светских и духовных феодалов.
Фонд «черных» земель не мог удовлетворить потребностей в испомещении дворян, тем более что дворянам надо было давать земли в центре и в приграничных районах, а основная масса «черных» земель сохранилась лишь на Севере. В этих условиях в конце XV в. с особой остротой встал вопрос о землевладении крупных феодалов. Во время присоединения Новгорода, Твери, Вятки, Пскова и других земель великий князь «выводил» местное боярство в центральные районы, а их земли раздавал своим дворянам. Тем самым усиливалась социальная опора великокняжеской  власти   во  вновь присоединенных землях.
Однако полного решения проблемы это не давало. Значительная часть боярства служила великому князю, а кроме того, приходилось изыскивать земли и для новых вотчин «выведенных» бояр в центре и на окраинах страны.

Большие земельные владения находились в руках церкви. Имея в виду не только получить земли для испомещения дворян, но и ослабить самостоятельность церкви, Иван III вынашивал планы секуляризации церковных земель. Обстановка, казалось, была благоприятной для осуществления этих планов, потому что авторитет церкви к концу XV в. стал колебаться. Об этом, в частности, свидетельствовало оживление еретических движений. Вопрос о церкви и церковных богатствах стал предметом широкого обсуждения. По свидетельству современников, в конце XV в. всюду — «в домах, на дорогах и торжищах» — монахи и «мирские» люди рас-суждали и спорили по этим вопросам, причем на эти споры сильное влияние оказывали идеи ере гиков.
Еретические течения и движения представляют собой своеобразную форму социального протеста в религиозной оболочке и свойственны всему европейскому средневековью, Ф. Энгельс писал, что так как церковь в средние века занимала положение «наиболее общего синтеза и наиболее общей санкции существующего феодального строя», то «все выраженные в общей форме нападки на феодализм и прежде всего нападки на церковь... должны были по преимуществу представлять из себя одновременно и "богословские ереси». Поэтому, «чтобы возможно было нападать на существующие общественные отношения, нужно было сорвать с них ореол святости».
Противники еретиков — воинствующие церковники — называли участников возникшей в конце XV в. в Новгороде ереси «жидовствующими» за некоторое сходство их взглядов в вопросах веры с иудаизмом, а основателем ереси считали еврея Схарию, приехавшего в 1471 г. в Новгород из Литвы. Из 27 известных по именам участников новгородской ереси 22 принадлежали к низшему сословию новгородского духовенства, к его «плебейской» части. Несколько иным был состав московских еретиков. Московский кружок образовался позже, в середине 80-х годов XV в., во главе его был приближенный Ивана III думный дьяк Федор Курицын, выполнявший важные дипломатические поручения великого князя. В состав кружка входили некоторые дьяки, а также купцы.
Московские еретики связывали свои идеи с задачами государственной централизации. Именно этим объясняется сочувственное отношение великокняжеской власти к еретикам, которые выступали против церковного землевладения, против существования сословия церковнослужителей и монашества и тем более — мздоимства при поставлении священников. Они настаивали на том, что каждый человек без посредства священников должен «общаться» с богом. На церковном соборе 1490 г. еретики были подвергнуты проклятию и отлучению от церкви, а позднее казнены.

Церковь искала и другие пути для укрепления своего положения. Основатель далекого северного монастыря на р. Сорке Нил Сорский считал, что авторитет церкви надо поднять путем строгого исполнения духовенством правил и обрядов, ведения аскетического образа жизни. Нил осуждал стяжание церковью богатств, в том числе владение населенными землями. Сторонники Нила получили наименование «нестяжателей».
«Нестяжателям» противостояла другая группа церковных деятелей, которая настаивала на необходимости для церкви иметь большие материальные средства. Во главе этой  группы  стоял  игумен подмосковного Волоцкого монастыря Иосиф. Осифляне, как называли его сторонников, были воинствующими церковниками, требовали беспощадной расправы со всеми инакомыслящими, невмешательства светской власти в дела церкви, утверждали, что только сильная и богатая церковь  может  выполнять  свои функции.
Великокняжеская власть, естественно, склонна была поддержать нестяжателей, тем более что Иосиф Волоцкий встал на сторону удельных князей в их борьбе против великокняжеской власти.
В 1503 г. собрался церковный собор, на котором по инициативе Ивана III был поставлен вопрос об отказе церкви от землевладения. Однако воинствующие церковники оказали упорное сопротивление. «Нестяжатели» потерпели поражение. Следом усилились расправы над еретиками. При этом православные церковники прямо ссылались на опыт католической испанской инквизиции в борьбе с еретиками. Собор 1504 г. осудил еретиков. На льду Москвы-реки в деревянных клетках заживо сожгли нескольких еретиков. Казни были произведены также в Новгороде.

В сложной внутриполитической обстановке заканчивалось правление Ивана III. Чтобы обеспечить сохранение сильной великокняжеской власти в будущем, Иван III использовал традиционный прием своих предшественни-ков — московских великих князей. Составляя духовную грамоту (завещание), он сосредоточил в руках наследника — Василия Ивановича — земли с 66 городами, в то время как всем остальным сыновьям досталось в общей сложности всего 30 городов. Новым было то, что столица великого княжества — Москва впервые не передавалась в «третное» владение братьев-князей, а целиком переходила к Василию. Подмосковные владения братьев наследника были также урезаны. Им запрещалось чеканить самостоятельную монету, торговать  в   Москве,   их   выморочные уделы должны были впредь обязательно переходить во владение великого князя.
В октябре 1505 г. Иван III умер, на престол вступил его сын Василий III. Он немедленно принял меры к изоляции своего наиболее опасного соперника — племянника Дмитрия Ивановича, которого Иван III перед своей смертью выпустил из заточения. Теперь Дмитрий был закован в железо и посажен в «тесную полату». Еще за несколько месяцев до своего вокняжения Василий женился на дочери московского боярина Соломонии Сабуровой, демонстрируя намерение опираться и ориентироваться на старомосковскую знать, а не на иноземцев.
Соотношение социальных сил в стране продиктовало неизбежность поисков компромисса и с церковью. Сильная церковь в качестве союзника была предпочтительнее церкви-соперника в условиях и без того значительного сопротивления со стороны крупных светских феодалов, тем более что они взяли на вооружение идеи «нестяжателей». Княжеско-боярская знать видела в них средство уберечь свои земли от конфиккации, направив поиски земельных фондов для великокняжеской власти в сторону церковного, а не светского землевладения. Вскоре обнаружились разногласия между Василием III и митрополитом-«нестяжателем» Варлаамом. Великий князь пошел навстречу «осифлянам» с их теорией сильной государственной власти, имеющей «божественное происхождение». Пошли навстречу и церковники, которым поддержка светской власти сулила большие выгоды, нежели опора на терявших силу удельных князей.
После 1508 г. глава воинствующих церковников — Иосиф Волоцкий, у которого возник конфликт с удельным князем Федором Волоцким, перешел со своим монастырем под опеку великого князя Василия III. Вскоре великокняжеская власть повернула от поддержки «нестяжателей» к политике предоставления церкви широких иммунитетных привилегий. Тем самым был надолго сохранен едва ли не самый крупный пережиток феодальной раздробленности в едином государстве — самостоятельная в экономическом   отношении   богатейшая церковная организация со своей системой администрации, суда и управления. Большая сила идеологического воздействия, которой располагала тогда церковь, оказала немалую помощь укреплению власти великих князей. Но, помогая великокняжеской власти, церковь защищала и свои собственные интересы, которые не всегда и не во всем совпадали с интересами светской власти.
Так, в 1510—1511 гг. монах Псковского Елеазарова монастыря — филофей обратился с посланиями к Василию III, в которых развивал мысль о Москве — «третьем Риме». Согласно взглядам филофея, существовало три мировых центра христианства — сначала им был древний Рим, который пал ввиду отступления от «истинного христианства», потом таким центром стала Византия. Но византийские правители тоже изменили православию, заключив в 1439 г. флорентийскую унию с католической церковью. Следствием этого явилось скорое падение Византии, завоеванной турками в 1453 г. Москва же, не признавшая флорентийской унии, является мировым центром православия, а Василий III — сын племянницы последнего византийского императора — его главой.
Тезис о «Москве — третьем Риме», обосновывавший мировое значение власти московских правителей, был направлен вместе с тем к тому, чтобы внедрить в их сознание мысль о необходимости всемерной защиты и поддержки христианства, а следовательно, и церкви. Идея исключительности, «богоизбранности» Московского государства противопоставляла Россию европейским странам, препятствовала развитию связей с ними. Версия о «Москве — третьем Риме» была глубоко консервативной по своему существу, она ориентировала на нерушимую верность старине, принципиальное неприятие нового, укрепление руководящего положения церкви в духовной жизни страны.
Представление о «Москве — третьем Риме», однако, не стало основной политической теорией московских правителей начала XVI в. Ею стали взгляды, отразившиеся в другом произведении - в «Сказании о князьях Вла-димирских», возникшем в начале XVI в., в котором доказывалось, что московские князья ведут свое происхождение через владимирских и киевских князей от самого римского императора Августа. Это должно было не только подчеркнуть значение московской великокняжеской власти, но и в связи с распространившимся в Европе того времени повышенным интересом к античности указать на причастность Руси к античному наследию.
Между тем внутреннее положение великокняжеской власти оставалось довольно сложным. Братья Василия III были недовольны резким усилением его материальных сил и претендовали на раздел вновь приобретенных в результате войны с Литвой земель. Были недовольны многие представители княжеско-боярской знати, особенно потомки князей и бояр из вновь присоединенных к Москве земель. Среди тех, кто критически относился к новым порядкам, были греческий монах Максим Грек, прибывший в Россию для исправления богослужебных книг, служилый человек Берсень-Беклемишев, который сетовал на то, что Василий III вместо совета с ч Боярской думой «запершись сам-третёй у постели все дела делает». Недовольные были связаны с главным соперником Василия III — дмитровским удельным князем Юрием Ивановичем. Последний рассчитывал на престол после смерти бездетного Василия III и потому был противником задуманного великим князем развода с женой — Соломонией  Сабуровой  из-за  ее бесплодия.
В 1525 г. был собран специальный собор, который осудил Максима Грека, отправив его в монастырскую тюрьму. Берсень-Беклемишев был казнен, его единомышленнику Федору Жареному отрезали язык. Поставленный Василием III во главе церкви митрополит-осифлянин Даниил в отличие от своего предшественника — низложенного «нестяжателя» Варлаама, не дававшего согласия на развод, — помог развестись великому князю. Соломония была пострижена в монахини и отправлена в Суздаль, а Василий III женился на иноземке (из великого княжества Литовского) Елене Глинской. Некоторые князья и бояре, высказывавшие недовольство этими действиями великого князя, были заключены в тюрьмы. Лишь после рождения наследника — будущего Ивана IV Грозного — в 1530 г. они были выпущены.