В 1149 году, овладев Киевом, Юрий посадил Андрея на княжение в Вышгороде. В том же году, в походе против Изяслава II Мстиславича Андрей проявил удивительную доблесть, которой от него, кажется, никто не ожидал. Вместе с братьями он подступил к Луцку, где затворился брат Изяславов, Владимир. Когда они приблизились к городу, то из ворот его выступил отряд пехоты и начал с ними перестреливаться; остальные Юрьевичи никак не думали, что Андрей захочет ударить по этой пехоте, потому что и стяг его не был поднят; не величав был Андрей на ратный чин, говорит летописец, искал он похвалы от одного Бога; и вот он въехал прежде всех в неприятельское войско, дружина его за ним, и началась жаркая схватка. Андрей преломил копье свое и подвергся величайшей опасности: неприятельские ратники окружили его со всех сторон; лошадь под ним была ранена двумя копьями, третье попало в седло, а со стен городских сыпались на него камни, как дождь; уже один немец хотел проткнуть его рогатиной, но Бог спас его; Отец, дядя и все братья обрадовались, увидев его живым, а бояре отцовские осыпали его похвалами, потому что он дрался храбрее всех в этом бою. Конь его, сильно раненный, только успел вынести своего господина и пал; Андрей велел погрести его над рекой Стрыем.
Позже, в Руцкой битве, лишь только с обоих сторон стали сходиться для битвы, Андрей, схватив копье, поехал вперед и прежде всех столкнулся с неприятелем; копье его было изломано, щит сорван, шлем спал с головы, конь, раненный в ноздри, начал метаться под ним в разные стороны.

В 1150 г. Андрей был переведен в западнорусские земли, где держал города Туров, Пинск и Пересопницу. В 1151 г. он с согласия отца вернулся в родную суздальскую землю, где, видимо, имел удел (Владимир-на-Клязьме). В 1155 году Андрей вновь был переведен в Вышгород, откуда вопреки отцовской воле бежал во Владимир-Залесский. Из Вышгородского женского монастыря он увез с собой знаменитую икону св. Богородицы (написанную, по преданию, евангелистом Лукой), которая впоследствии стала почитаться как величайшая русская святыня. Как гласит легенда, путь иконы на север сопровождался многими чудесами, а неподалеку от Владимира кони под иконой вдруг встали. Князь велел здесь заночевать. Ночью Божья Матерь явилась ему во сне и запретила вести икону в Ростов, как он прежде собирался (или делал вид, что собирался), а велела оставить ее во Владимире. Андрей так и поступил, а на месте видения построил село, названное Боголюбовом. Позже Андрей построил там богатую каменную церковь и терем. Со временем Боголюбово (по которому Андрей и получил свое прозвище) сделалось его любимым местопребыванием.

Помогая отцу во всех его походах, Андрей, как можно думать, не одобрял его настойчивого желания овладеть Южной Русью. После смерти Юрия Долгорукого в 1157 году Андрей был избран князем ростовским, суздальским и владимирским. Однако Андрей не поехал в эти старые города (Ростов и Суздаль), а сделал стольным городом Владимир. Этот прежде незначительный молодой городок он украсил великолепными сооружениями, придавшими ему невиданные на северо-востоке Руси пышность и великолепие.

Современники видели в Андрее набожного и благочестивого человека. Его часто можно было встретить в храме на молитве со слезами умиления на глазах. Нередко по ночам он входил в храм, сам зажигал свечи и долго молился перед образом. При этом он оставался человеком жестким и самовластным. В методах его правления было много нового, прежде на Руси невиданного. Со своими братьями Андрей обошелся как истый самовластен. Никому из них он не дал волости в Суздальской земле, а в 1162 году вовсе выгнал из княжества свою мачеху, греческую царевну Ольгу, вторую жену Юрьеву, вместе с ее детьми Мстиславом, Васильком и восьмилетним Всеволодом (в будущем знаменитым великим князем по прозвищу Большое Гнездо), потом удалил и племянников, двух сыновей Ростислава Юрьевича. С боярами Андрей также жил не по-товарищески, не советовался с ними, к чему привыкли бояре старой Руси. Многих Юрьевых бояр он выгнал, других заключил в темницу. По многим причинам он может считаться первым подлинным велико-русским государем. Следуя в дальнейшем его примеру, владимирские князья постепенно превратили северную окраину Древней Руси в центр великого государства нового времени.

Уже при Андрее северо-восточная Русь начинает оказывать все более возрастающее влияние на жизнь окружающих земель. В 1164 году Андрей с сыном Изяславом, братом Ярославом и муромским князем Юрием удачно воевал с камскими болгарами, перебил у них много народу и взял знамена. Князь болгарский с малой дружиной едва успел убежать в Великий город (Булгар). После этой победы Андрей взял болгарский город Бряхимов и пожег три других города.

Но главной и постоянной целью Андрея было унизить значение Киева, лишить его древнего старшинства над русскими городами, перенести это старшинство на Владимир, а вместе с тем подчинить себе вольный и богатый Новгород. Он добивался того, чтобы по своему желанию отдавать эти два важных города с их землями в княжение тем из князей, которых он захочет посадить и которые, в благодарность за это, будут признавать его старейшинство.
Однако чрезмерная крутость помешала ему достичь желаемого. Еще в 1158 году Андрей послал сказать новгородцам: "Будь вам ведомо: хочу искать Новгорода и добром и лихом". Новгородцы смутились, на первый раз уступили требованию Андрея и прогнали от себя Давида и Святослава Мстиславичей, а на их место взяли от Андрея его племянника Мстислава Ростиславича. Но потом Андрей вдруг переменил свой решение, отозвал Мстислава и велел новгородцам взять обратно Святослава. С немалой досадой новгородцы согласились опять на Святослава, но мира с этим князем у них быть не могло. Споры и бурные веча переросли в настоящую войну. Святослав, изгнанный из Новгорода, сжег Новый Торг и Луки. Новгородцы несколько раз просили Андрея сменить князя, но тот неизменно отвечал: "Нет вам другого князя, кроме Святослава". Упорство Андрея наконец ожесточило новгородцев: в 1168 году они перебили сторонников Святослава и взяли себе в князья Романа Мстиславича, сына ненавистного Андрею Мстислава Изяславича. Это было знаком открытого неповиновения и зимой 1169 года владимирский князь отправил на Новгород огромное войско во главе со своим сыном Мстиславом. Страшно опустошив окрестности Новгорода, Андреева рать должна была отступить, ничего не добившись. Однако в Новгороде начался голод. Подвоза хлеба не было ниоткуда, и горожане сдались, показали Роману путь (то есть прогнали от себя) и послали к Андрею за миром, и Андрей направил к ним Рюрика Ростиславича, а после того, как поссорился с Ростиславичами, сына Юрия.

Сходным образом складывались отношения с Киевом. В 1168 году по смерти Ростислава Мстиславича, в Киеве сел старый враг Андреев, Мстислав Изяславич. Андрей ждал только повода, чтобы начать против него войну, и повод вскоре нашелся - в том же году, как уже говорилось, Мстислав, вопреки воле Андрея, посадил в Новгороде сына Романа. Тогда Андрей отправил на юг сына Мстислава с ростовцами, владимирцами и суздальцами. После трехдневной осады войско ворвалось в Киев и впервые в истории взяло его "на щит": два дня победители грабили город, не щадя никого и ничего: жгли церкви и грабили жителей, одних били, других хватали, жен разлучали с мужьями и уводили в плен. Половцы зажгли было и монастырь Печерский, но монахам удалось потушить пожар; были в Киеве тогда, говорит летописец, во всех людях стон и тоска, печаль неутешная и слезы непрестанные.

Андрей достиг своей цели. Древний Киев потерял свое вековое старейшинство. Некогда город богатый, заслуживавший от посещавших его иностранцев название второго Константинополя, он уже и прежде постепенно утрачивал свой блеск из-за междоусобий, а теперь был ограблен, сожжен, лишен значительного числа жителей, перебитых или уведенных в неволю, поруган и посрамлен от других русских земель. Андрей посадил в нем своего брата Глеба с намерением и впредь сажать там такого князя, какого ему угодно будет.

По смерти Глеба в 1171 году Андрей отправил в Киев Романа Ростиславича. Но вскоре владимирскому князю дали знать, что Глеб Юрьевич умер не своей смертью. Андрей прислал сказать братьям Ростиславичам: "Выдайте мне Григория Хотовича, Степанца и Олексу Святославича - это враги всем нам, они уморили брата моего Глеба". Ростиславичи, считая, как видно, донос на бояр неосновательным, не послушались Андрея, но только отпустили от себя Григория Хотовича. Тогда Андрей послал сказать Роману: "Не ходишь в моей воле с братьями своими, так ступай вон из Киева, Давыд из Вышгорода, Мстислав - из Белгорода; ступайте все в Смоленск и делитесь там, как хотите". Рюрик, Давыд и Мстислав Ростиславичи послали сказать Андрею: "Брат! 'Мы назвали тебя отцом себе, крест тебе целовали и стоим в крестном целовании, хотим тебе добра, но вот теперь брата нашего Романа ты вывел из Киева и нам путь кажешь из Русской земли без нашей вины, так пусть рассудит нас Бог и сила крестная". Дальше пошло еще круче. Андрей, как говорит летописец, исполнился высокоумия, сильно рассердился, надеясь на силу, огородившись множеством войска, разжегся гневом, призвал мечника своего Михна и наказал ему: "Поезжай к Ростиславичам и скажи им: не ходите в моей воле, так ступайте же: ты, Рюрик, в Смоленск, к брату, в свою отчину; Давиду скажи: ты ступай в Берлад, в Русской земле не велю тебе быть; а Мстиславу молви: ты всему делу зачинщик, не велю тебе быть в Русской земле". Мстислав велел остричь Андрееву послу голову и бороду и отослал его назад к Андрею с такими словами: "Мы до сих пор почитали тебя, как отца, по любви, но если ты прислал к нам с такими речами не как к князю, но как к подручнику и простому человеку, то делай, что замыслил, а Бог нас рассудит". Андрей опал в лице, когда услышал от Михна ответ Мстиславов, и велел тотчас же собирать войско: собрались ростовцы, суздальцы, владимирцы, переяславцы, белозерцы, муромцы, новгородцы и рязанцы. Андрей счел их и нашел 50 000; он послал с ними сына своего Юрия с таким наказом: "Рюрика и Давыда выгоните из моей отчины, а Мстислава схватите и, не делая ему ничего, приведите ко мне".

По пути на юг к войску присоединилось еще много князей, всего их набралось более двадцати. Впервые за много лет под одними знаменами собрались полоцкие, туровскиё, пинские, городненские, рязанские, черниговские, северские, смоленские, переяславские князья. Но этот грандиозный поход, как и тот, что был затеян в предыдущем году против Новгорода, закончился ничем. Девять недель войско стояло против Вышгорода, где засел Мстислав Ростиславич, но так и не смогло его взять. А едва к Киеву подступил союзник Ростиславичей Ярослав Изяславич Луцкий, все оно в беспорядке вдруг бросилось бежать. Мстислав из Вышгорода гнался за ними, многих перебил и пленил. "Так-то, - говорит летописец, - князь Андрей какой был умник во всех делах, а погубил разум свой невоздержанием". И в самом деле, современники хорошо видели, что неудачи Андрея под Новгородом и Киевом произошли не из-за недостатка материальных средств, а из-за упрямого нежелания вести гибкую политику. При всем своем уме и изворотливости Андрей не установил прочного порядка в русских землях. Современники считали, что единственным побуждением всей его деятельности было властолюбие. Прошло немало лет, прежде чем семена посеянной им политики уже в новых исторических условиях дали обильные всходы и привели к сплочению Русской земли вокруг Москвы. Пока же непреклонная суровость Андрея во всех вызывала трепет и ненависть, и окружавшие его бояре не были тут исключением.

Однажды Андрей казнил одного из ближайших родственников своей жены, Кучковича. Тогда брат казненного Яким Кучкович вместе с зятем своим Петром и некоторыми другими княжескими слугами решил избавиться от своего господина. К заговору вскоре пристали домашние слуги князя - некий яс (осетин) по имени Анбал и еще какой-то иноземец по имени Ефрем Моизич. Всего же заговорщиков было двадцать человек; они говорили: "Нынче казнил он Кучковича, а завтра казнит и нас, так помыслим об этом князе!" Кроме злобы и опасения за свою участь заговорщиков побуждала и зависть к любимцу Андрееву, какому-то Прокопию. В ночь с 29 на 30 июня 1175 года Андрей был убит заговорщиками. Впечатляющий летописный рассказ об убийстве князя Андрея приводится в книге Демин В.Н. "Загадки русских летописей" (глава 4. "Сполошные колокола").

Первоначально Андрей был погребен во Владимирском храме Успения Богородицы; позднее останки неоднократно переносились. В 1934 году погребение Андрея Боголюбского было обследовано и идентифицировано археологами и антропологами; по черепу найденному в захоронении, скульптору и антропологу М.М.Герасимову удалось воссоздать уникальный скульптурный портрет князя.
Татищев так описывает внешность и характер Андрея: "Сей князь роста был не вельми великого, но широк плечами и крепок, яко лук едва кто подтянуть мог, лицом красен, волосы кудрявы, мужественен был в брани, любитель правды, храбрости его ради все князья его боялись и почитали, хотя часто и с женами и дружиной веселился, но жены и вино им не обладали. Он всегда к расправе и распорядку был готов, для того мало спал, но много книг читал, и в советах и в расправе земской с вельможи упражнялся, и детей своих прилежно тому учил, сказуя им, что честь и польза состоит в правосудии, расправе и храбрости".