Пугачевский бунт, будучи крупнейшим на тот момент народным восстанием, происходившим на территории России, не мог пройти без последствий.Была изменена внутренняя политика по отношению к казачеству. Начали предприниматься активные действия по преобразованию казачьего войска в регулярные армейские подразделения.

Казачьим офицерам стали чаше жаловать дворянство с землей и правом обладания собственными крепостными. Старшина еще сильней закрепилась в роли силы, представляющей интересы правительства. По отношению к казачеству были сделаны серьезные послабления и уступки в экономическом плане. Для смягчения памяти о бунте, река Яик была переименована в Урал, а яицкое казачество – в уральское казачье войско.

Сходные меры были приняты и по отношению коренных народностей, принявших участие в восстании. Представители местной знати приравниваются к дворянам. Были прекращены попытки обращения местного населения в крепостных, предоставив им права, сходные с казачьим сословием.

Казакам было разрешено кочевать на привычных для них территориях. Это вызвало неудовольствие у местного казачества, так как эти земли были выделены под поместья для зарождающегося казачьего дворянства. В результате, волнения среди местного населения возобновились и вылились в очередное восстание, которое возглавил бывший соратник Пугачева Срым Датов. 

Пугачевский бунт нанес очень серьезный ущерб уральской металлургической промышленности. Из 129 существовавших на тот момент заводов, восстание всецело поддержали 64. На мятежных заводах работало более сорока тысяч крестьян. Урон, нанесенный восстанием металлургическому производству, составил огромную по тем временам сумму – более пяти с половиной миллионов рублей. Началась интенсивная работа по восстановлению разрушенных заводов.

Оценивая причины бунта, правительство решило пойти на некоторые уступки по отношению к крестьянам, приписанным к металлургическим предприятиям. Согласно манифесту, подписанному императрицей Екатериной Великой 19 мая 1779 года, заводчики несколько ограничивались в использовании труда приписанных крестьян, увеличивалась оплата труда и сокращалась продолжительность рабочего дня. Говоря о значении крестьянской войны, можно сказать, что именно она стала первым толчком для перехода к капиталистическим отношениям.

Положение крепостных крестьян, работающих на помещиков, практически не изменилось. Однако память о Пугачевском восстании плотно закрепилась в общественном сознании, и стремление избежать его повторения, со временем смягчило положение крестьян, и в конечном итоге привело к отмене крепостного права. Пугачевский бунт показал неэффективность управленческих органов на окраинах империи. В 1775 году была проведена губернская реформа, в результате которой произошло разукрупнение губерний – вместо 20 их стало 50. Вся власть в учреждениях местного самоуправления отдавалась в руки дворянства.