Годы войны для Большого театра были, как и для всей страны, тяжелыми, однако обошлось без глобальных разрушений несмотря на то, что в 1941 году в него угодила бомба.

Разумеется, никаких спектаклей в военные годы не проводилось, это здание использовалось больше для съездов Советов, заседаний и прочих политических мероприятий.

Последняя на данный момент реконструкция театра началась в 2005 и завершилась в 2011 году. Реконструкторы постарались вернуть театру первозданный вид, насколько это было возможно: перекрасили колонны обратно в цвет слоновой кости, вернули на фасад изображения муз и заменили занавес. В ноябре 2011 года в знак завершения глобальной перестройки на исторической сцене была впервые показана опера «Руслан и Людмила».
Внутреннему убранству тоже вернули первозданный облик: заменили кресла на те, что были в здешних залах в досоветскую эпоху, увеличили проходы и восстановили декор, каким он был еще до революции. Замене подлежали не только интерьеры: в театре появился новый орган, который был сделан в Бельгии на заказ.